Ндс выпадающие доходы субсидия муп. Субсидии от государства. О восстановлении НДС при дальнейшем использовании в субсидируемых видах деятельности

Если организация или коммерсант трудятся в социально значимых сферах, то государство нередко «помогает» им посредством выделения субсидий из бюджетов разных уровней. Одной из особенностей плательщика НДС, работающего в субсидируемой сфере, является восстановление налога по ресурсам, приобретенным за счет полученных субсидий.

Предоставление субсидий имеет широкое распространение при продаже товаров (работ, услуг) по государственным регулируемым ценам или с учетом льгот, предоставляемых определенным категориям потребителей — пенсионерам, ветеранам войны и труда, инвалидам, многодетным семьями и пр. Например, такие как: ЖКХ, где население оплачивает предоставляемые им услуги не по свободным ценам, а по тарифам, установленным государством; транспорт, в котором цены пассажирских перевозок, находятся под контролем властей; услуги общественного питания; продажа лекарств и т. д. Понятно, что работа в таком бизнесе зачастую связана с убытками, так как жесткий контроль цен или предоставление льгот в такой сфере «обеспечивает» организации или коммерсанту получение так называемых выпадающих доходов. Чтобы покрыть убытки, связанные со «сниженными» ценами или льготами, или компенсировать расходы организации или коммерсанта в субсидируемых видах деятельности, государство выделяет им бюджетные средства в виде субсидий.

Основные положения

Согласно ст. 78 Бюджетного кодекса Российской Федерации (далее — БК РФ) к субсидиям относятся средства, выделяемые организациям, индивидуальным предпринимателям, а также физическим лицам — производителям товаров (работ, услуг) на безвозмездной и безвозвратной основе в целях возмещения недополученных доходов и (или) финансового обеспечения (возмещения) затрат в связи с производством (реализацией) товаров (за исключением подакцизных товаров, кроме легковых автомобилей и мотоциклов, винодельческих продуктов, произведенных из выращенного на территории Российской Федерации винограда), выполнением работ, оказанием услуг.

Причем в силу п. 2 ст. 78 БК РФ субсидии юридическим лицам (за исключением субсидий государственным (муниципальным) учреждениям, а также субсидий в виде грантов), индивидуальным предпринимателям, а также физическим лицам -производителям товаров, работ, услуг предоставляются из:

федерального бюджета и бюджетов государственных внебюджетных фондов Российской Федерации — в случаях и порядке, предусмотренных федеральным законом о федеральном бюджете, федеральными законами о бюджетах государственных внебюджетных фондов Российской Федерации и принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации или актами уполномоченных им федеральных органов государственной власти (федеральных государственных органов); бюджета субъекта Российской Федерации и бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов — в случаях и порядке, предусмотренных законом субъекта Российской Федерации о бюджете субъекта Российской Федерации, законами субъектов Российской Федерации о бюджетах территориальных государственных внебюджетных фондов и принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации или актами уполномоченных им органов государственной власти субъекта Российской Федерации; местного бюджета — в случаях и порядке, предусмотренных решением представительного органа муниципального образования о местном бюджете и принимаемыми в соответствии с ним муниципальными правовыми актами местной администрации или актами уполномоченных ею органов местного самоуправления.

Налогообложение полученных субсидий у плательщика НДС зависит от направления их использования

Причем, если организация или коммерсант трудятся в субсидируемом виде деятельности, это не освобождает их от уплаты НДС, регламентируемого главой 21 НК РФ.

Напомним, что в силу п. 1 ст. 146 НК РФ основным объектом налогообложения по НДС выступает реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, причем источник их оплаты роли не играет. Объект налогообложения возникает даже в случае, если указанные товары (работы, услуги) реализуются налогоплательщиком безвозмездно. Следовательно, у плательщика НДС, работающего в субсидируемой сфере, также возникает обязанность по исчислению НДС.

Пунктом 1 ст. 154 НК РФ установлено, что в общем случае при реализации товаров (работ, услуг) налог исчисляется налогоплательщиком исходя из стоимости товаров (работ, услуг), исчисленной исходя из рыночных цен (без включения НДС).

Напоминаем, что в отношении сделок, доходы и расходы по которым согласно главе 25 НК РФ признаются в учете после 1.01.2012, используется понятие рыночной цены, установленное ст. 105.3 НК РФ.

Для справки. В силу п. 1 ст. 105.3 НК РФ рыночной признается цена сделки, заключенной между лицами, не признаваемыми взаимозависимыми. Критерии признания лиц взаимозависимыми установлены ст. 105.1 НК РФ.

При этом нормами ст. 153 НК РФ прямо закреплено, что налоговая база при реализации товаров (работ, услуг) определяется налогоплательщиком с учетом особенностей реализации произведенных им или приобретенных на стороне товаров (работ, услуг).

Особенностью реализации в субсидируемых сферах бизнеса является применение государственных цен или льгот.

Напомним, что п. 13 ст. 40 НК РФ закреплено общее правило налогообложения, в соответствии с которым при реализации товаров (работ, услуг) по государственным регулируемым ценам (тарифам), установленным в соответствии с законодательством Российской Федерации, для целей налогообложения принимаются указанные цены (тарифы). Иными словами, налогообложение таких сделок производится исходя из фактических цен реализации товаров (работ, услуг).

Это согласуется и с нормой п. 2 ст. 154 НК РФ, устанавливающей порядок определения налоговой базы по НДС при реализации товаров (работ, услуг). В абзаце 2 п. 2 ст. 154 НК РФ установлено, что при реализации товаров (работ, услуг) с учетом субсидий, предоставляемых бюджетами бюджетной системы Российской Федерации в связи с применением налогоплательщиком государственных регулируемых цен, или с учетом льгот, предоставляемых отдельным потребителям в соответствии с законодательством, налоговая база определяется как стоимость реализованных товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из фактических цен их реализации.

При этом законом прямо определено, что суммы субсидий, предоставляемых бюджетами бюджетной системы Российской Федерации в связи с применением налогоплательщиком государственных регулируемых цен, или льгот, предоставляемых отдельным потребителям в соответствии с законодательством, при определении налоговой базы не учитываются.

Однако последняя норма справедлива лишь в случае, если получаемые плательщиком НДС субсидии не связаны с расчетами за реализуемые товары, выполненные работы или оказанные услуги. Иными словами, порядок налогообложения полученных субсидий у плательщика НДС зависит от направления их использования.

Если бюджетные средства получены плательщиком НДС на компенсацию расходов по оплате приобретаемых материальных ресурсов (работ, услуг) или же на покрытие убытка, образовавшегося в результате реализации товаров (работ, услуг) по государственным регулируемым ценам, или по ценам с учетом льгот, то полученные субсидии не облагаются налогом. На это не раз указывал Минфин России в разъяснениях (письма от 3.06.13 г. № 03-03-06/4/20240, от 26.07.11 г. № 03-03-06/4/83, от 9.06.11 г. № 03-03-06/1/337, от 7.05.08 г. № 03-07-11/175).

Аналогичное мнение высказывают и налоговые органы, о чем свидетельствует письмо УФНС России по г. Москве от 23.06.09 г. № 16-15/63905.

Такого же подхода придерживаются и региональные суды. Так, например, в постановлении ФАС Волго-Вятского округа от 7.03.13 г. по делу № А38-6048/2011 арбитры удовлетворили требования налогоплательщика о признании недействительным решения налоговых органов в части доначисления сумм НДС. Рассматривая материалы дела, суд отметил, что суммы, компенсирующие расходы налогоплательщика, связанные с применением государственных регулируемых цен или с учетом льгот, не облагаются НДС.

Если суммы субсидий выделены из бюджета на иные цели (например, на покрытие разницы в ценах), то они рассматриваются контролирующими органами как суммы, связанные с расчетами за товары (работы, услуги), которые на основании п.п. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ увеличивают налоговую базу налогоплательщика.

Этот вывод подтверждается мнением Минфина России, изложенным в письме от 17.08.11 г. № 03-07-11/227. Поддерживают чиновников Минфина России и налоговые органы, на что указывает письмо УФНС России по г. Москве от 18.12.07 г. № 19-11/120978.

Восстановление НДС

Итак, одним из направлений использования субсидий выступает компенсация затрат налогоплательщика, работающего в субсидируемом виде деятельности. За счет полученных бюджетных средств налогоплательщик может приобретать товары (работы, услуги), которые используются им в такой деятельности. Естественно, возникает закономерный вопрос, вправе ли налогоплательщик воспользоваться налоговым вычетом по НДС при условии, что приобретенные им ресурсы оплачены за счет выделенных средств государственной поддержки.

Отметим, что до 1.10.2011 глава 21 НК РФ не содержала прямого ответа на данный вопрос. Не было единого мнения на этот счет даже среди контролирующих органов. Минфин России настаивал на том, что в случае оплаты приобретаемых ресурсов за счет получаемых бюджетных денег налогоплательщик не вправе пользоваться вычетом по сумме «входного» налога, так как это ведет к повторному возмещению налога из бюджета. В частности, именно такие разъяснения на этот счет приведены в письме Минфина России от 8.08.11 г. № 03-03-06/4/92.

Налоговые органы в свою очередь допускали возможность применения вычета по товарам (работам, услугам), приобретенным за счет субсидий (письмо УФНС России по г. Москве от 18.12.07 г. № 19-11/120978). Причем эту точку зрения поддерживали и арбитры, о чем свидетельствует, в частности, постановление ФАС Поволжского округа от 11.11.11 г. по делу № А57-1934/2011.

С 1 октября 2011 г. данный вопрос перестал быть актуальным, так как теперь п.п. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ прямо закреплено, что суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ, подлежат восстановлению в случае получения налогоплательщиком в соответствии с законодательством Российской Федерации субсидий из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога, а также на возмещение затрат по уплате налога при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.

При этом прямо указано, что налог восстанавливается в размере, ранее принятом к вычету в том налоговом периоде, в котором налогоплательщиком получена субсидия. Суммы восстановленного налога не включаются в стоимость указанных товаров (работ, услуг), а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 НК РФ.

Следовательно, с 1.10.2011 налогоплательщик, работающий в субсидируемом виде деятельности, при получении субсидии из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога, а также на возмещение затрат по уплате «ввозного» при ввозе товаров обязан восстановить НДС, ранее принятый им к вычету. Сделать это нужно в том налоговом периоде, в котором получены бюджетные средства. В силу прямой нормы ст. 170 НК РФ восстановленный налог не включается в стоимость товаров (работ, услуг), а учитывается налогоплательщиком в составе прочих расходов на основании ст. 264 НК РФ.

Обратите внимание! В п.п. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ прямо указано, что налог восстанавливается в случае получения субсидий из федерального бюджета, поэтому если приобретаемые ресурсы оплачены за счет субсидий, полученных из регионального или местного бюджета, то восстанавливать НДС не нужно. Согласны с таким подходом и чиновники Минфина России, о чем свидетельствует письмо от 30.10.12 г. № 03-07-11/462.

Кроме того, согласно разъяснениям, приведенным в письме ФНС России от 24.12.15 г. № СА-4-7/22683@ со ссылкой на Определение ВС РФ от 19.11.15 г. № 310-КГ15-8772 по делу № А09-8245/2014, субсидия, полученная налогоплательщиком из бюджета субъекта Российской Федерации, источником финансового обеспечения которой являлись в том числе и целевые межбюджетные трансферты, предоставленные из федерального бюджета, не может рассматриваться как субсидия, предоставленная из федерального бюджета. Аналогичные выводы содержатся и в Определении ВС РФ от 21.01.16 г. № 310-КГ15-13228 по делу № А09-7805/2014.

Напоминаем, что с 1.04.2012 налогоплательщики обязаны руководствоваться официальными формами документов по НДС и регламентами их заполнения, утвержденными постановлением Правительства РФ от 26.12.11 г. № 1137 «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость» (далее — Правила № 1137).

Как следует из п. 14 раздела II приложения № 5 к Правилам № 1137, при восстановлении НДС налогоплательщик, получивший субсидию, должен зарегистрировать в своей книге продаж счета-фактуры, на основании которых им ранее были приняты к вычету суммы НДС по товарам (работам, услугам), используемым в субсидированном виде деятельности, приобретенные за счет полученных субсидий.

Обратите внимание на то, что с 1.01.2014 плательщики НДС независимо от наличия статуса крупнейшего налогоплательщика или количества наемных работников отчитываются по НДС в электронной форме. На это указывает п. 5 ст. 174 НК РФ, обновленный Федеральным законом от 28.06.13 г. № 134-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части противодействия незаконным финансовым операциям».

Начиная с I квартала 2015 г. декларирование налога производится по форме, формату и в соответствии с Порядком, утвержденными приказом ФНС России от 29.10.14 г. № ММВ-7-3/558@ «Об утверждении формы налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость, порядка ее заполнения, а также формата представления налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость в электронной форме». Этим приказом утвержден и формат представления налоговой декларации в электронной форме.

Пример

Организация ЖКХ приобрела в I квартале 2016 г. товары на сумму 236 000 руб. (в том числе НДС — 36 000 руб.), которые предназначены для оказания коммунальных услуг, оплачиваемых населением с учетом льгот.

Сумма «входного» налога была принята к вычету плательщиком НДС в I квартале 2016 г.

В мае 2016 г. организация в целях компенсации затрат получила субсидию из федерального бюджета в размере 1 000 000 руб.

На основании п.п. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ организация должна восстановить сумму налога в размере 36 000 руб. и отразить ее в налоговой декларации за II квартал 2016 г.

Для справки. Подача налоговой декларации на бумажном носителе будет расценена, как непредставление налоговой декларации, в силу чего налогоплательщик может быть оштрафован на основании п. 1 ст. 119 НК РФ. При этом размер штрафа может составить от 1000 руб. до 30% от суммы налога, подлежащей уплате на основе данной декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления. Такие разъяснения дают налоговики столицы в письме УФНС России по г. Москве от 13.01.15 г. № 24-15/000647.

Нужно ли вести раздельный учет входного НДС, уплаченного за счет бюджетной субсидии. Как восстановить входной НДС при получении субсидий из бюджета.

Вопрос: Во второй половине 2018 года организация (МУП) планирует получение субсидий на проведение капитальных ремонтов основных средств (сети водоснабжения и канализации). Ремонт предполагается проводить хозяйственным способом. Закупки материалов в целом для обеспечения деятельности организации проводятся в соответствии с положениями закона 44-ФЗ о госзакупках. Соответственно материалы (инертные материалы, трубы, задвижки, колодцы, люки и прочие материалы для обеспечения деятельности организации в целом, ГСМ для работы техники) закуплены в соответствии с графиком закупок, приняты на учет в составе МПЗ, заявлен налоговый вычет по НДС из бюджета. Заранее не известно какие именно, из каких партий материалы будут использованы для проведения ремонтных работ за счет бюджетных субсидий. Поясните как в описанном случае соблюсти вновь введенное правило о соблюдении раздельного учета сумм НДС по МПЗ, "приобретаемым" за счет средств бюджета. Ведь по факту сначала МПЗ приобретены за счет собственных средств, и стоимость МПЗ лишь часть субсидии, так как субсидия выделяется на стоимость работ по ремонту в целом.

Ответ: В данной ситуации можно говорить о возмещении уже понесенных расходов, в том числе на приобретение материалов.

С 2018 года организации обязаны вести раздельный учет входного НДС по покупкам, которые оплачиваются за счет бюджетных средств. При этом раздельный учет - одно из условий, при котором организация может уменьшить налогооблагаемую прибыль на суммы входного НДС по активам, приобретенным за счет бюджетных субсидий. Такой порядок установлен пунктом 2.1 статьи 170 НК. Из этого пункта следует, что с 2018 года надо вести раздельный учет входного НДС при покупках за счет субсидий - полученных на возмещение затрат как до 1 января 2018 года, так и после этой даты.

Таким образом, если Вы уже приобрели материалы и с них приняли НДС к вычету, то Вам необходимо определить часть материалов (справками-расчетами, акты и пр. документами), которая использовалась в строительстве, осуществляемом за счет бюджетных средств (конкретной методики ведения раздельного учета нет, организация ее разрабатывает самостоятельно и закрепляет в учетной политике). И с этих материалов восстановить входной НДС. Только в этом случае восстановленный входной НДС Вы спишите в расходы в НУ (в БУ относите на прочие расходы на 91 счет).

Обоснование

Нужно ли вести раздельный учет входного НДС, уплаченного за счет бюджетной субсидии. Субсидия получена в 2017 году, товары за счет нее приобрели в 2018 году

Да, нужно, если субсидия выделена на возмещение затрат по приобретению товаров (работ, услуг).

Если в 2018 году организация совершала покупки за счет такой субсидии, она обязана вести раздельный учет входного НДС. Не важно, когда получена субсидия: в 2017-м или в 2018 году. Если раздельного учета нет, не включайте входной НДС в расходы при расчете налога на прибыль.

Входной НДС нельзя принимать к вычету, если организация оплатила товары (работы, услуги), основные средства, нематериальные активы или имущественные права за счетсубсидии. С 2018 года организации обязаны вести раздельный учет входного НДС по таким покупкам. При этом раздельный учет - одно из условий, при котором организация может уменьшить налогооблагаемую прибыль на суммы входного НДС по активам, приобретенным за счет бюджетных субсидий.

Как восстановить входной НДС при получении субсидий из бюджета

Организация может получить субсидию или инвестицию из бюджета любого уровня. Налог восстанавливайте, если субсидию выделили на возмещение:
- затрат по оплате приобретенных товаров (работ, услуг), включая основные средства, нематериальные активы и имущественные права;
- суммы НДС, уплаченной при ввозе товаров в Россию.
Покрывает ли сумма субсидии или бюджетной инвестиции затраты на входной НДС - неважно.

Если затраты на покупки возместили из бюджета частично, восстановите ту долю НДС, которая приходится на эти затраты. Определите эту долю по формуле:

Пример восстановления входного НДС по оборудованию. Организация получила субсидию из бюджета на полное возмещение затрат на его приобретение

В июле «Альфа» получила из регионального бюджета субсидию с НДС на полное возмещение затрат на его приобретение. В платежном поручении на перечислениесубсидии указана сумма 118 000 руб. (в т. ч. НДС - 18 000 руб.)

В III квартале бухгалтер восстановил всю сумму входного НДС - 18 000 руб.

Пример восстановления входного НДС по оборудованию. Организация получила субсидию из бюджета на частичное возмещение затрат на его приобретение

В июне ООО «Альфа» приобрело оборудование (основное средство) по цене 118 000 руб. (в т. ч. НДС - 18 000 руб.). Организация является плательщиком НДС.Входной НДС по приобретенному оборудованию был принят к вычету. Переоценка стоимости основного средства не производилась.

В июле «Альфа» получила из местного бюджета субсидию с НДС на частичное возмещение затрат на его приобретение. В платежном поручении на перечислениесубсидии указана сумма 59 000 руб. (в т. ч. НДС - 9000 руб.)

В III квартале бухгалтер восстановил часть суммы входного НДС - 9000 руб.

Отвечает Елена Попова,

государственный советник налоговой службы РФ I ранга

«Состав бухгалтерской отчетности в Росстат такой же, как и в налоговую инспекцию. Единственное отличие – дополнительно сдайте в статистику аудиторское заключение, если обязаны проводить аудит. Напомним, что в Росстат не надо будет сдавать бухотчетность только с 2020 года, а за 2018 год отчеты сдайте не позднее 1 апреля 2019 года. Подробнее, какие формы включить в состав бухотчетности, смотрите в рекомендации.»

Наша организация является получателем субсидий из бюджета.1. Для получения субсидий на приобретение элитных семян расчет делается исходя из цены приобретения без учета НДС. Нужно ли в данном случае восстанавливать НДС по приобретенным семенам?2. Для получения субсидий на приобретение КРС расчет делается на один кг живого веса, цена приобретения в расчете никаким образом не фигурирует. Нужно ли в данном случае восстанавливать НДС по приобретенному КРС?

Если в платежном поручении на перечислении субсидии из федерального бюджета на возмещение затрат сумма НДС выделена отдельной строкой, восстановите НДС.

Если же в платежном поручении на перечислении субсидии указано «без НДС», НДС не восстанавливайте.

Обоснование

Ольги Цибизовой,

Как отразить в бухучете и при налогообложении государственную помощь (субсидии, бюджетные кредиты и др.)

ОСНО: НДС

Организация может получить субсидию из федерального бюджета на возмещение затрат c учетом или без учета НДС. Это следует учитывать при оплате товаров (работ, услуг) за счет бюджета.

Если субсидия перечислена с учетом налога, то входной НДС, принятый к вычету, восстановите. Суммы восстановленного налога следует учесть в составе прочих расходов. В стоимость приобретенных товаров (работ, услуг) их включать не нужно.

Если государство возместит затраты без НДС, то предъявленный поставщиками налог восстанавливать не нужно.

Такой порядок предусмотрен в подпункте 6 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса РФ.

Ольги Цибизовой, начальника отдела косвенных налогов департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России

Как восстановить входной НДС, ранее принятый к вычету

Получение субсидий из бюджета

Организация может получить субсидию из федерального бюджета на возмещение затрат:

• с учетом НДС (в платежном поручении на перечисление субсидии сумма НДС выделена отдельной строкой);
• без учета НДС (в платежном поручении на перечисление субсидии указано «без НДС»).

В первом случае налог восстановите:

• в полном объеме, если субсидия была получена на возмещение всех затрат, понесенных организацией;
• в части, приходящейся на субсидию, если субсидия была получена на частичное возмещение затрат.

Во втором случае налог не восстанавливайте, так как субсидия не предусматривает возмещение входного НДС.

Налог восстановите в том квартале, в котором получены субсидии.

Пример восстановления входного НДС по оборудованию. Организация получила субсидию из федерального бюджета (с НДС) на полное возмещение затрат на его приобретение

В июне «Альфа» получила из федерального бюджета субсидию с НДС на полное возмещение затрат на его приобретение. В платежном поручении на перечисление субсидии указана сумма 118 000 руб. (в т. ч. НДС – 18 000 руб.)

Во II квартале бухгалтер восстановил всю сумму входного НДС – 18 000 руб.

Пример восстановления входного НДС по оборудованию. Организация получила субсидию из федерального бюджета (без НДС) на возмещение затрат на его приобретение

В январе ООО «Альфа» приобрело оборудование (основное средство) по цене 118 000 руб. (в т. ч. НДС – 18 000 руб.). Организация является плательщиком НДС. Входной НДС по приобретенному оборудованию был принят к вычету. Переоценка стоимости основного средства не производилась.

В июне «Альфа» получила из федерального бюджета субсидию с НДС на возмещение затрат на его приобретение. В платежном поручении на перечисление субсидии указана сумма 100 000 руб. (без НДС).

Бухгалтер не стал восстанавливать входной НДС.

Татьяна, здравствуйте!

Уточните, пожалуйста, какой нормой НК РФ руководствуетесь по этому пункту «НДС по субсидии нужно заплатить в налоговую» и для каких целей оформляете документ «Отражение начисления НДС».

Давайте разберем вашу ситуацию подробно.

Получили субсидию на р/с Организации. Банка и касса – Банковские выписки – Поступление – Вид операции Прочее поступление . Проводка имеет вид Д 51 К 76.09 . Аналитику с НДС/без НДС и ставку НДС мы берем из первичного документа т.е если в Выписке банка указано без НДС, то и в учете будет также. Если выделен НДС и указано, например, в т.ч НДС 18%, то в программе отражается эта информация.

Также по дате Уведомления у нас в учете отражена следующая хозяйственная операция Д 76.09 К 98.01 Субсидия включена в состав доходов будущих периодов на основании Уведомления о получении субсидии. Операции – Операции, веденные вручную.

Далее по поводу НДС . Учет зависит от того, на какие цели выделена субсидия.
Обратимся к НК РФ. Статья 162 НК РФ пп.2 п.1 говорит о том, что если Субсидия связана с оплатой реализуемых налогоплательщиком товаров (работ, услуг), то налоговая база увеличивается на эти суммы. Это не ваш случай т.к субсидия связана не с реализацией, а наоборот с возмещением затрат.

Идем дальше по законодательству и смотрим ст.170 п.3 пп.6 НК РФ – тут речь идет о субсидиях из федерального бюджета на возмещение затрат .
«6) в случае получения налогоплательщиком в соответствии с законодательством Российской Федерации субсидий из федерального бюджета на возмещение затрат , связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога, …
Восстановлению подлежат суммы налога в размере, ранее принятом к вычету.
Суммы налога, подлежащие восстановлению в соответствии с настоящим подпунктом, не включаются в стоимость указанных товаров (работ, услуг), а учитываются в составе прочих расходов в соответствии со статьей 264 настоящего Кодекса.
Восстановление сумм налога производится в том налоговом периоде , в котором получены суммы предоставляемых субсидий ».
У нас как раз возмещение затрат. Значит, анализируем первичные документы по субсидии, источник финансирования и т.д. и если это субсидия из федерального бюджета, то восстанавливаете НДС ранее принятый к вычету через Операции – Регламентные операции НДС – Создать – Восстановление НДС. Проводка будет иметь вид Д 19 К 68.02 + записи в регистры НДС.

Далее встает вопрос о том, как поступить с суммой восстановленного НДС. Как обсуждалось выше ст.170 п.3 пп.6 НК РФ говорит о том, что суммы НДС «учитываются в составе прочих расходов в соответствии со статьей 264 настоящего Кодекса».
Следовательно, сумма восстановленного НДС должна признаваться в прочих расходах. Проводка Д 91.02 К 19 оформляется через Операции – Регламентные операции НДС – Создать – Списание НДС.

ВНИМАНИЕ! По субсидиям из местного бюджета , а также из бюджета субъекта РФ обязанности восстанавливать ранее принятый к вычету НДС у Налогоплательщика нет .

И так как затронута тема субсидии, то заодно вспомним, как мы отражаем доходы . Если на момент получения субсидии, ОС (допускаю, что подвижной состав относится к ОС) уже введено в эксплуатацию и амортизируется, то в доходах признаем сумма равную амортизации. Проводка Д 98.01 К 91.01. Операции – Операции, введенные вручную.
Оставшаяся часть субсидии, отраженная в ДБП на счете 98.01, будет признана в доходах по аналогичному принципу, т.е. по мере признания расходов. При этом в НУ в полной сумме не позднее 3-х лет начиная с того налогового периода, в котором субсидия была получена.

Нормы обязательные к изучению при наличии операций по субсидиям в учете:
– Статья 78 Бюджетного кодекса «Предоставление субсидий юридическим лицам (за исключением субсидий государственным (муниципальным) учреждениям), индивидуальным предпринимателям, физическим лицам»;
– Статья 154 НК РФ «Порядок определения налоговой базы при реализации товаров (работ, услуг)»;
– Статья 162 НК РФ «Особенности определения налоговой базы с учетом сумм, связанных с расчетами по оплате товаров (работ, услуг)»;
– Статья 170 НК РФ «Порядок отнесения сумм налога на затраты по производству и реализации товаров (работ, услуг)»;
– Статья 264 НК РФ «Прочие расходы, связанные с производством и (или) реализацией»;
– Статья 271 НК РФ «Порядок признания доходов при методе начисления»;
– Правила ведения Книги продаж, Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 ;
– Определение Верховного Суда от 21.01.2016 N310-КГ15-13228 по делу NА09-7805/2014;
– Письмо Минфина РФ от 17.02.2016 N03-07-11/8728 ;
– Письмо Минфина РФ от 30.12.2016 N03-07-11/79600 (ж/д подвижной состав);
– ПБУ 13/2000 «Учет государственной помощи».